適用したのに見た目が変わらない

キャッシュが残っている可能性があります。[コンテンツ管理] → [キャッシュ管理] を開き、[キャッシュ削除] を押してください。

そのあとブラウザ側も読み直します。スーパーリロード（Windows は Ctrl + Shift + R、 Mac は Command + Shift + R）で、手元に残った古い CSS を捨てられます。

Docker などで環境変数 ECCUBE_TEMPLATE_CODE をプロセス側に設定している場合は、管理画面からの登録が .env に書き込まれても反映されません。環境変数側を glass に変更してください（EC-CUBE 4.3 では管理画面に警告が出ます）。

「既に登録されています」と出てアップロードできないときは、同じテンプレートコードでの上書きができないためです。入れ替えの順序は 新しい版に更新する にあります。